Ο Διοικητής Ναυτικής Εκπαιδεύσεως (Δ/ΔΝΕ) είναι υπεύθυνος για όλες τις αρμοδιότητες της Διοικήσεως και τις ασκεί με την βοήθεια του επιτελείου του.
Το επιτελείο της ΔΝΕ, είναι το διοικητικό λειτουργικό όργανο, μέσω του οποίου ο Διοικητής ασκεί τα καθήκοντά του.
Τη διοίκηση του επιτελείου ασκεί ο Αρχιεπιστολέας της ΔΝΕ, ο οποίος οφείλει να προετοιμάζει τα απαραίτητα στοιχεία, για τη λήψη αποφάσεων από το Διοικητή και να τον βοηθά, στην εκπλήρωση της αποστολής του.
