Το ΝΝΣ ιδρύθηκε με τον νόμο ΑΦΟΖ της 12ης Δεκεμβρίου 1887.
Θεμελιωτής και πρώτος Διευθυντής του υπήρξε ο Γάλλος Φιλέλληνας ιατρός Όθωνας Σωνιέρος, ο οποίος είχε καταταγεί στο Ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό το 1862. Ο Σωνιέρος υπήρξε μία μεγάλη ιατρική φυσιογνωμία της εποχής του και μεταγενέστερα χάρισε την σημαντικότατη βιβλιοθήκη του στο Νοσοκομείο. Το Ναυτικό, εκτιμώντας την προσφορά του, έδωσε το όνομα του για να τον τιμήσει, σε έναν θάλαμο του ανεγερθέντος Νοσοκομείου.
Για να διαβάσετε αναλυτικά την ιστορία του ΝΝΣ, κάντε κλικ εδώ.