Η Διεύθυνση του Ναυτικού Νοσοκομείου Σαλαμίνας έχει αρμοδιότητα σε θέματα:
α. Παροχής πρωτοβάθμιας υγειονομικής περίθαλψης στο στρατιωτικό και πολιτικό προσωπικό του Ναύσταθμου, των ορμούντων Πολεμικών Πλοίων και των λοιπών Ναυτικών Υπηρεσιών που εδρεύουν στην ευρύτερη περιοχή Σαλαμίνας, στα εν αποστρατεία στελέχη, καθώς και στα μέλη των οικογενειών όλων των ανωτέρω.
β. Παροχής δευτεροβάθμιας υγειονομικής περίθαλψης στο κατώτερο στρατιωτικό προσωπικό του Ναύσταθμου, των ορμούντων Πολεμικών Πλοίων και των λοιπών Ναυτικών Υπηρεσιών που εδρεύουν στην ευρύτερη περιοχή Σαλαμίνας, στο Ψυχιατρικό Τμήμα.
γ. Παροχής εκπαίδευσης στο υπηρετούν υγειονομικό προσωπικό, σύμφωνα με τα ισχύοντα θεσμικά κείμενα και κανονιστικές διατάξεις.
δ. Παραπομπής στην Ανώτατη Ναυτική Υγειονομική Επιτροπή, προς κρίση, οποιουδήποτε νοσηλευόμενου.
ε. Σύγκλισης ιατρικού συμβουλίου, με συμμετοχή ειδικών ιατρών ειδικοτήτων που δεν υπηρετούν στο Νοσοκομείο, όταν δημιουργούνται ειδικές ανάγκες.
