Η Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών είναι υπεύθυνη για τη διεξαγωγή της Οικονομικής Υπηρεσίας στο ΝΣ καθώς και την κοστολόγηση των πάσης φύσεως εργασιών που εκτελούνται από τον ΝΣ. Είναι επίσης συντονιστικός φορέας επί των θεμάτων του πολιτικού προσωπικού του ΝΣ και των κτημάτων του Ναυτικού ευθύνης ΝΣ.