Η Διεύθυνση Ναυτικών Έργων έχει αρμοδιότητα σε θέματα:
α. Απορρέοντα από την ισχύουσα, περί δημοσίων έργων, νομοθεσία.
β. Συντονισμού και εκτέλεσης της συντήρησης και επισκευής των πάσης φύσεως εγκαταστάσεων του Ναύσταθμου.
γ. Παροχής συνδρομής στη συντήρηση της ΠΝΒ ΣΥΡΟΥ, καθώς και των λοιπών Ναυτικών Υπηρεσιών που εδρεύουν στην ευρύτερη περιοχή Σαλαμίνας.
δ. Εκπόνησης μελετών – σχεδίων – τεχνικών προδιαγραφών και επίβλεψης έργων του Π.Ν, που εκτελούνται στην ευρύτερη περιοχή Σαλαμίνας, εθνικών ή κοινής υποδομής, αφού ανατεθούν σχετικώς από το ΓΕΝ, καθώς και της συντήρησης ή επισκευής των εγκαταστάσεων.
ε. Συντονισμού επί αντικειμένων προϋπολογισμού αρμοδιότητάς της, για το σύνολο των Διευθύνσεων του ΝΣ και την ΠΝΒ ΣΥΡΟΥ.