Η Διεύθυνση Διοίκησης έχει αρμοδιότητα πάνω σε θέματα:
α. Κατανεμημένων στο Ναύσταθμο, Βοηθητικών Πλοίων (Υδροφόρων Υ/Φ, Πλοίων Μεταφοράς Προσωπικού ΠΜΠ, Ρυμουλκών Ρ/Κ, Φραγματοθέτιδων Φ/Θ, Βοηθητικών Λιμένος ΒΛ και Αποβατικών ΑΒ) και πλωτών μέσων διοικητικής μέριμνας (Βοηθητικών Βάσης ΒΒ και Πλωτών Γερανών Π/Γ) πλην των Πετρελαιοφόρων (Π/Φ), φορτηγίδων (Φ/ΓΔ) πετρελαίου / λυμάτων.
β. Παροπλισμένων Πλοίων.
γ. Παροχής υποστήριξης διοικητικής μέριμνας σε Πολεμικά Πλοία που ορμούν επισκευάζονται στο Ναύσταθμο, καθώς και της εξασφάλισης της αποδοτικής λειτουργίας του Ναυτικού Συγκροτήματος, με τη διάθεση των κάτωθι ευκολιών:
(1) Ελλιμενισμού Πολεμικών Πλοίων.
(2) Κάλυψης αναγκών σε πλωτά μέσα και τροχαίο υλικό.
(3) Ενδιαίτησης του προσωπικού των επισκευαζόμενων Πολεμικών Πλοίων.
(4) Συνδρομής στην αντιμετώπιση πυρκαγιών και διαρροών.
(5) Παροχής θαλάσσιου νερού για χρήση στα δίκτυα πυρκαγιάς / υγιεινής.
(6) Ύδρευσης και παροχής πόσιμου νερού με Υδροφόρες.
(7) Καλής λειτουργίας του δικτύου αποχέτευσης, καθώς και των εγκαταστάσεων βιολογικού καθαρισμού του ΝΣ.
(8) Αποκομιδής των απορριμμάτων και των καταλοίπων.
δ. Συντήρησης και επισκευής του διατιθέμενου στο Ναύσταθμο τροχαίου υλικού.
ε. Ρύθμισης των μαγνητικών πυξίδων.
στ. Συντονισμού επί αντικειμένων διοικητικής φύσης και μέριμνας στρατιωτικού προσωπικού, ΦΑΨ, δικαστικών υποθέσεων, ασφαλείας, πληροφοριών, άμυνας, κίνησης λιμένα και οχημάτων, καθώς και επικοινωνιών που αφορούν στο ΝΣ.
ζ. Αστυνόμευσης και περιμετρικής φρούρησης των εγκαταστάσεων του ΝΣ, πλην των περιοχών ευθύνης της Διεύθυνσης Ναυτικών Όπλων και της Διεύθυνσης Καυσίμων.
η. Προετοιμασίας των χώρων, οργάνωσης και άρτιας διεξαγωγής των εορτών, τελετών, επιθεωρήσεων και άλλων ανάλογων εκδηλώσεων στο ΝΣ, σε συνεργασία με το ΕΕ.
θ. Ενδιαίτησης και σίτισης του προσωπικού του Ναύσταθμου.
ι. Οργάνωσης και συντονισμού της ΧΒΡΠ Άμυνας και πυρασφάλειας του ΝΣ, τόσο σε επίπεδο πρόληψης όσο και αντιμετώπισης.
ια. Οργάνωσης και συντονισμού της παρεχόμενης, σε προσωπικό και υλικοτεχνικά μέσα, συνδρομής του ΝΣ στην αντιμετώπιση καταστάσεων εκτάκτων αναγκών και φυσικών καταστροφών της χώρας, σύμφωνα με τα εν ισχύει σχέδια και διαταγές.
ιβ. Προστασίας του περιβάλλοντος.
ιγ. Απογραφών και διαχείρισης υλικού ναυτικών εφοδίων.
