Στη μακρόχρονη ιστορία του Πολεμικού Ναυτικού τα Υποβρύχια έπαιξαν το δικό τους σημαντικό ρόλο. Συνολικά μέχρι σήμερα, από τη δύναμη των Υποβρυχίων, πέρασαν 31 Υποβρύχια διαφόρων τύπων.
Το πρώτο Υ/Β εμφανίζεται στο ΠΝ το 1886. Ήταν ένα μικρό Υ/Β Σουηδικής κατασκευής, με 3 άνδρες πλήρωμα, που διατηρήθηκε μέχρι το 1901 χωρίς ουσιαστικά να αξιοποιηθεί επιχειρησιακά.
Κατά την διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων παρελήφθησαν τα Υ/Β ΔΕΛΦΙΝ και ΞΙΦΙΑΣ. Το ΔΕΛΦΙΝ είναι το πρώτο Υ/Β στον κόσμο, που σε πολεμική επιχείρηση εξετέλεσε τορπιλλική προσβολή (ανεπιτυχή), κατά του τουρκικού καταδρομικού METZHTIE .
Το "ΞΙΦΙΑΣ" δεν έλαβε μέρος σε καμία επιχείρηση του πολέμου.
Το 1914 συστάθηκε η Διοίκηση Υποβρυχίων με τον τίτλο "Σταθμός Καταδυομένων".
Το 1916 τα δύο υποβρύχια κατασχέθηκαν από τους Γάλλους και επεστράφησαν σε κακή κατάστασή το 1919. Παροπλίσθηκαν το 1920.
Η έναρξη του Β' Παγκοσμίου Πολέμου βρήκε τη ΔΥ με 6 Υ/Β, η δράση των οποίων αποτελεί χρυσή σελίδα στην ένδοξη ιστορία του Πολεμικού Ναυτικού. Τέσσερα από τα Υ/Β αυτά βυθίστηκαν με απώλειες 105 Αξιωματικών, Υπαξιωματικών και Ναυτών.
Μετά τον πόλεμο το Ναυτικό διαθέτει 6 Υ/Β βρετανικής κατασκευής τύπου " V "/" U " , τα οποία επιστρέφονται στη Βρετανία μέχρι το 1958 και αντικαθίστανται από 3 αμερικάνικης κατασκευής Υ/Β κλάσεως GATO.
Τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 70 αρχίζει μία καινούργια εποχή για τη ΔΥ. Αγοράζονται από τη Γερμανία τα 4 Υ/Β τ.ΓΛΑΥΚΟΣ και τα αμερικάνικα τ.GATO αντικαθίστανται με 2 άλλα κλάσεως GUPPY.
Στο τέλος της ίδιας δεκαετίας 4 νέα Υ/Β τ.ΠΟΣΕΙΔΩΝ εντάσσονται στο ΠΝ. Τα 10 αυτά Υ/Β παραμένουν μέχρι το 1995, οπότε και παροπλίζονται τα 2 αμερικάνικης κατασκευής.
Με την είσοδο στον 21ο αιώνα αποφασίστηκε η πρόσκτηση νέων Υ/Β τ. 214 καθώς επίσης και ο εκσυγχρονισμός του Υ/Β ΩΚΕΑΝΟΣ.
Στα τέλη του 2010 εντάχθηκε στο ΠΝ το 1ο Υ/Β τ.214 (Υ/Β ΠΑΠΑΝΙΚΟΛΗΣ) ενώ το θέρος του 2011 παροπλίστηκε το Υ/Β ΓΛΑΥΚΟΣ.
Έτσι σήμερα, στη Διοίκηση Υποβρυχίων είναι ενταγμένα 3 Υ/Β τ.ΓΛΑΥΚΟΣ (τ.209/1100), 3 Υ/Β τ.ΠΟΣΕΙΔΩΝ (τ.209/1200), 4 Υ/Β τ.ΠΑΠΑΝΙΚΟΛΗΣ (τ.214), 1 Υ/Β τ.ΠΟΣΕΙΔΩΝ εκσυγχρονισμένο (Υ/Β ΩΚΕΑΝΟΣ) .
